Diversitet beskriver, hvor mange forskellige arter du har (artsrigdom), og hvor ligeligt de er fordelt (jævnhed). Generelt forbindes et mere varieret mikrobiom med et mere stabilt og modstandsdygtigt økosystem, der bedre kommer sig efter påvirkninger som antibiotikabehandling. Lav diversitet ses oftere efter antibiotika, ved fiberfattig kost og ved visse sygdomme.
Det er en sammenhæng, ikke en diagnose: Raske mennesker kan også have moderat diversitet. Det mest nyttige er at se, hvordan du ligger i forhold til referencepopulationen, og hvordan det udvikler sig, når du ændrer vaner.