Die Diversität beschreibt, wie viele verschiedene Arten vorhanden sind (Artenreichtum) und wie gleichmäßig sie verteilt sind (Evenness). Ein vielfältigeres Mikrobiom wird allgemein mit einem stabileren und widerstandsfähigeren Ökosystem in Verbindung gebracht, das sich besser von Störungen wie einer Antibiotikabehandlung erholt. Eine geringe Diversität wird häufiger nach Antibiotika, bei ballaststoffarmer Ernährung und bei einigen Erkrankungen beobachtet.
Das ist ein Zusammenhang, keine Diagnose: Auch gesunde Menschen können eine mäßige Diversität aufweisen. Am hilfreichsten ist der Vergleich mit der Referenzpopulation und die Beobachtung, wie sich die Diversität bei veränderten Gewohnheiten entwickelt.