Mangfold måler hvor mange ulike arter du har (artsrikdom), og hvor jevnt de er fordelt (jevnhet). Generelt forbindes et mer mangfoldig mikrobiom med et mer stabilt og motstandsdyktig økosystem som lettere henter seg inn etter belastninger som antibiotikabehandling. Lavt mangfold ses oftere etter antibiotika, ved fiberfattig kosthold og ved enkelte sykdommer.
Dette er en sammenheng, ikke en diagnose. Friske personer kan også ha moderat mangfold. Det mest nyttige er å se hvordan du ligger an sammenlignet med referansepopulasjonen, og hvordan det utvikler seg når du endrer vaner.