Drobnoustroje komensalne żyją z nami, nie wyrządzając szkody, często z obopólną korzyścią. Drobnoustroje oportunistyczne są zwykle nieszkodliwe, ale mogą powodować problemy, gdy ekosystem traci równowagę lub odporność spada. Drobnoustroje chorobotwórcze mogą wywoływać choroby, choć ich wykrycie nie zawsze oznacza infekcję.