Każdego dnia połykamy ogromną liczbę bakterii z jamy ustnej. Większość nie przeżywa działania kwasu żołądkowego i konkurencji z mikrobiomem jelitowym. Ich większy niż zwykle udział w kale wiązano jednak w badaniach ze stosowaniem leków osłonowych na żołądek oraz z niektórymi chorobami jelit i wątroby.
Raport dotyczący osi jama ustna–jelita w teście Advanced pokazuje obecność w jelitach bakterii pochodzących z jamy ustnej. Dbanie o higienę jamy ustnej jest również częścią troski o mikrobiom.