Mångfalden mäter hur många olika arter du har (artrikedom) och hur jämnt de är fördelade (jämnhet). Generellt förknippas ett mer varierat mikrobiom med ett stabilare och mer motståndskraftigt ekosystem som lättare återhämtar sig efter påfrestningar som antibiotikabehandling. Låg mångfald ses oftare efter antibiotika, vid fiberfattig kost och vid vissa sjukdomar.
Det är ett samband, inte en diagnos. Friska personer kan också ha måttlig mångfald. Det mest användbara är att se hur du ligger till jämfört med referenspopulationen och hur det utvecklas när du ändrar dina vanor.