सहवासी सूक्ष्मजीव बिना नुकसान पहुँचाए हमारे साथ रहते हैं, अक्सर पारस्परिक लाभ के साथ। अवसरवादी सामान्यतः हानिरहित होते हैं, लेकिन पारिस्थितिकी तंत्र असंतुलित होने या प्रतिरक्षा घटने पर समस्या पैदा कर सकते हैं। रोगजनक बीमारी पैदा कर सकते हैं, हालांकि उनकी मौजूदगी हमेशा संक्रमण का अर्थ नहीं होती।