विविधता बताती है कि कितनी अलग प्रजातियाँ हैं और उनका वितरण कितना समान है। अधिक विविध माइक्रोबायोम आम तौर पर अधिक स्थिर और लचीले तंत्र से जुड़ा होता है, जो एंटीबायोटिक जैसे प्रभावों से बेहतर उबरता है। कम विविधता एंटीबायोटिक के बाद, कम फ़ाइबर वाले आहार और कुछ बीमारियों में अधिक देखी जाती है।
यह संबंध है, निदान नहीं। स्वस्थ लोगों में भी मध्यम विविधता हो सकती है। उपयोगी यह देखना है कि आप संदर्भ आबादी की तुलना में कहाँ हैं और आदतें बदलने पर इसमें क्या बदलाव आता है।