लाभकारी और अवसरवादी बैक्टीरिया के बीच संतुलन बिगड़ने पर डिस्बायोसिस होता है। आधुनिक दुनिया में इसके सबसे आम कारण हैं:
- पश्चिमी आहार : इसमें परिष्कृत शर्करा, संतृप्त वसा और अति-प्रसंस्कृत खाद्य पदार्थ अधिक मात्रा में होते हैं, लेकिन फाइबर कम होता है।
- अत्यधिक स्वच्छता और कीटाणुनाशक : हम ऐसे "अत्यधिक स्वच्छ" वातावरण में रहते हैं जो हमें प्राकृतिक सूक्ष्मजीवों के संपर्क से वंचित कर देता है।
- बार-बार ली जाने वाली दवाएं : न केवल एंटीबायोटिक्स, बल्कि सूजन-रोधी दवाओं (एनएसएआईडी) या पेट की रक्षा करने वाली दवाओं का दीर्घकालिक उपयोग भी।
- पर्यावरण विषैले पदार्थ: कीटनाशक, खाद्य योजक और प्रदूषण।
- आराम की कमी : नींद में खलल पड़ने से सूक्ष्मजीवों की संरचना लगभग तुरंत बदल जाती है।