रिज़ॉल्यूशन और डेटा की गहराई के मामले में अंतर बहुत बड़ा है।
- 16S विधि (पारंपरिक) : यह केवल विशिष्ट जीन के एक छोटे से क्षेत्र का अनुक्रमण करके बैक्टीरिया और आर्किया का पता लगा सकती है। यह आपको एक सामान्य जानकारी (वंश) देती है, लेकिन यह नहीं बताती कि प्रत्येक उपकरण वास्तव में क्या कार्य करता है।
- शॉटगन मेटाजेनोमिक्स (विवाबायोम) : यह मौजूद सभी जीवों के सभी जीनों का यादृच्छिक रूप से अनुक्रमण करता है। इससे हम न केवल बैक्टीरिया, बल्कि कवक, वायरस, आर्किया और परजीवियों का भी पता लगा सकते हैं।
इसके अलावा, शॉटगन हमें कार्यात्मक अध्ययन करने की अनुमति देता है: हम देख सकते हैं कि क्या आपके पारिस्थितिकी तंत्र में न्यूरोट्रांसमीटर (जैसे GABA), आवश्यक विटामिन या सुरक्षात्मक मेटाबोलाइट्स उत्पन्न करने के लिए आवश्यक जीन मौजूद हैं। संक्षेप में, यह इस बात के बीच का अंतर है कि किसी कार्यालय में लोग मौजूद हैं (16S) और यह जानना कि प्रत्येक कर्मचारी वास्तव में क्या काम कर रहा है (शॉटगन)।