Diversiteit geeft aan hoeveel verschillende soorten aanwezig zijn (soortenrijkdom) en hoe gelijkmatig ze vertegenwoordigd zijn (gelijkmatigheid). Een diverser microbioom wordt in het algemeen in verband gebracht met een stabieler en veerkrachtiger ecosysteem, dat beter herstelt van verstoringen zoals een antibioticakuur. Een lage diversiteit wordt vaker gezien na antibioticagebruik, bij vezelarme voeding en bij bepaalde ziekten.
Dit is een verband, geen diagnose: ook gezonde mensen kunnen een matige diversiteit hebben. Het nuttigst is om te kijken waar je staat ten opzichte van de referentiepopulatie en hoe de diversiteit zich ontwikkelt wanneer je je gewoonten verandert.