La diferencia es abismal en términos de resolución y profundidad de datos.
- El método 16S (Tradicional): Solo puede detectar bacterias y arqueas secuenciando una pequeña región de un gen específico. Te da una idea general (el género), pero no te dice exactamente qué hace cada herramienta.
- La Metagenómica Shotgun (Vivabioma): Secuencia de forma aleatoria todos los genes de todos los organismos presentes. Esto nos permite detectar no solo bacterias, sino también hongos, virus, arqueas y parásitos.
Además, Shotgun nos permite realizar estudios funcionales: podemos ver si tu ecosistema tiene los genes necesarios para producir neurotransmisores (como el GABA), vitaminas esenciales o metabolitos protectores. Es, en esencia, la diferencia entre saber que hay gente en una oficina (16S) y saber exactamente qué trabajo está haciendo cada empleado (Shotgun).