Komenzální mikroorganismy s námi žijí, aniž by nám škodily, často s oboustranným přínosem. Oportunní mikroorganismy jsou obvykle neškodné, ale při narušení rovnováhy ekosystému nebo oslabení obranyschopnosti mohou působit potíže. Patogenní mikroorganismy mohou vyvolat onemocnění, jejich záchyt však nemusí vždy znamenat infekci.