Jde o standardní formát pro ukládání sekvenačních čtení: krátkých sekvencí písmen (A, C, G a T), z nichž každé má přiřazené skóre kvality. Čtení z vašeho vzorku poskytujeme ve formátu FASTQ po odfiltrování lidských čtení. Soubor tedy obsahuje desítky milionů čtení, především mikrobiální DNA. Neobsahuje žádnou interpretaci.
Jde o nejúplnější formát: vy nebo bioinformatik můžete data znovu analyzovat pomocí jiných nástrojů či referenčních databází, nyní i v budoucnu. Soubor má velikost několika gigabajtů, takže pro práci s ním potřebujete bioinformatický software a dostatečně výkonný počítač. Pokud jej analyzuje jiná společnost nebo platforma, její výsledky se mohou lišit od našich a zpracování se řídí jejími vlastními podmínkami ochrany osobních údajů.