Diverzita vyjadřuje, kolik různých druhů je ve vašem mikrobiomu přítomno (druhová bohatost) a jak rovnoměrně jsou zastoupeny (vyrovnanost). Rozmanitější mikrobiom bývá obecně spojován se stabilnějším a odolnějším ekosystémem, který se lépe zotavuje po zásazích, například po antibiotické léčbě. Nízká diverzita se častěji pozoruje po užívání antibiotik, při stravě chudé na vlákninu a u některých onemocnění.
Jde o souvislost, nikoli o diagnózu: i zdraví lidé mohou mít střední diverzitu. Nejužitečnější je sledovat své výsledky ve vztahu k referenční populaci a jejich vývoj při změně návyků.