Stres nepůsobí jen na psychiku: prostřednictvím osy střevo–mozek zasahuje i střevo. Chronický stres spouští uvolňování kortizolu a dalších hormonů, které mění pohyblivost střeva, tvorbu ochranného hlenu a podle studií na zvířatech i některých studií na lidech také propustnost střevní bariéry. Tyto změny ovlivňují prostředí, ve kterém žijí vaše bakterie, a mohou zvýhodňovat oportunní druhy oproti prospěšným.
Vztah funguje oběma směry. Kvalitní spánek, pohyb a relaxační techniky proto prospívají jak psychice, tak mikrobiomu. Zpráva o ose střevo–mozek ukazuje schopnost vašeho mikrobiomu vytvářet látky, jako je GABA nebo deriváty tryptofanu. Neměří míru vašeho stresu ani úzkosti.