Der Unterschied hinsichtlich Auflösung und Datentiefe ist enorm.
- Die 16S-Methode (Traditionell): Kann nur Bakterien und Archaeen nachweisen, indem eine kleine Region eines spezifischen Gens sequenziert wird. Sie gibt eine allgemeine Vorstellung (die Gattung), sagt aber nicht genau, was jedes Werkzeug macht.
- Die Shotgun-Metagenomik (Vivabioma): Sequenziert zufällig alle Gene aller vorhandenen Organismen. Dies ermöglicht es uns, nicht nur Bakterien, sondern auch Pilze, Viren, Archaeen und Parasiten nachzuweisen.
Darüber hinaus ermöglicht uns Shotgun die Durchführung von funktionalen Studien: Wir können sehen, ob Ihr Ökosystem über die notwendigen Gene verfügt, um Neurotransmitter (wie GABA), essentielle Vitamine oder schützende Metaboliten zu produzieren. Es ist im Wesentlichen der Unterschied zwischen dem Wissen, dass sich Leute in einem Büro befinden (16S), und dem genauen Wissen, welche Arbeit jeder Mitarbeiter verrichtet (Shotgun).