La différence est abyssale en termes de résolution et de profondeur des données.
- La méthode 16S (Traditionnelle) : Elle ne peut détecter que les bactéries et les archées en séquençant une petite région d'un gène spécifique. Elle vous donne une idée générale (le genre), mais elle ne vous dit pas exactement ce que fait chaque outil.
- La métagénomique Shotgun (Vivabioma) : Elle séquence de manière aléatoire tous les gènes de tous les organismes présents. Cela nous permet de détecter non seulement des bactéries, mais aussi des champignons, des virus, des archées et des parasites.
De plus, le Shotgun nous permet de réaliser des études fonctionnelles : nous pouvons voir si votre écosystème possède les gènes nécessaires pour produire des neurotransmetteurs (comme le GABA), des vitamines essentielles ou des métabolites protecteurs. C'est, par essence, la différence entre savoir qu'il y a des gens dans un bureau (16S) et savoir exactement quel travail chaque employé effectue (Shotgun).