生態系に存在する微生物の種類の豊かさを表す指標です。アルファ多様性は、1つの検体内に何種類の種がいるかという種の豊富さと、その分布の均等さを示します。ベータ多様性は、2つ以上の検体が互いにどの程度異なるかを比較します。