解像度とデータの深さという点で、その違いは計り知れません。
- 16S法（従来法）：特定の遺伝子の小さな領域をシーケンスすることにより、細菌とアーキア（古細菌）のみを検出できます。全体的な概念（属）はわかりますが、それぞれのツールが正確に何をしているかまではわかりません。
- ショットガンメタゲノミクス（Vivabioma）：存在するすべての生物のすべての遺伝子をランダムにシーケンスします。これにより、細菌だけでなく、真菌、ウイルス、アーキア、寄生虫も検出することが可能になります。
さらに、ショットガン法では機能研究を行うことができます。あなたのエコシステムが、神経伝達物質（GABAなど）、必須ビタミン、または保護代謝物を産生するために必要な遺伝子を持っているかどうかを確認できます。これは本質的に、オフィスに人がいることを知っていること（16S）と、各従業員が正確に何の仕事をしているかを知っていること（ショットガン）の違いと同じです。