Het verschil is enorm op het gebied van resolutie en datadiepte.
- De 16S-methode (Traditioneel): Kan alleen bacteriën en archaea detecteren door een klein gebied van een specifiek gen te sequencen. Het geeft een algemeen beeld (het geslacht), maar vertelt niet precies wat elk instrument doet.
- Shotgun Metagenomics (Vivabioma): Sequencet willekeurig alle genen van alle aanwezige organismen. Hierdoor kunnen we niet alleen bacteriën detecteren, maar ook schimmels, virussen, archaea en parasieten.
Daarnaast stelt Shotgun ons in staat om functionele studies uit te voeren: we kunnen zien of jouw ecosysteem de nodige genen heeft om neurotransmitters (zoals GABA), essentiële vitamines of beschermende metabolieten te produceren. Het is in wezen het verschil tussen weten dat er mensen in een kantoor zijn (16S) en precies weten welk werk elke werknemer doet (Shotgun).