Совокупность защитных механизмов, отделяющих содержимое кишечника от остального организма: слой слизи, клетки, выстилающие кишечник, и соединения между ними, а также связанная с ними иммунная система. Микробиом помогает поддерживать этот барьер, например за счёт выработки бутирата.