Комменсальные микроорганизмы сосуществуют с нами, не причиняя вреда, часто со взаимной пользой. Условно-патогенные обычно безвредны, но могут вызывать проблемы при нарушении равновесия экосистемы или снижении иммунной защиты. Патогенные способны вызывать заболевания, хотя их обнаружение не всегда означает наличие инфекции.