Forskellen er enorm med hensyn til opløsning og datadybde.
- 16S-metoden (traditionel) : Den kan kun detektere bakterier og arkæer ved at sekventere en lille region af et specifikt gen. Den giver dig en generel idé (slægten), men fortæller dig ikke præcis, hvad hvert værktøj gør.
- Haglgeværmetagenomik (Vivabiom) : Sekvenserer tilfældigt alle gener fra alle tilstedeværende organismer. Dette giver os mulighed for at detektere ikke kun bakterier, men også svampe, vira, arkæer og parasitter .
Derudover giver Shotgun os mulighed for at udføre funktionelle studier : vi kan se, om dit økosystem har de nødvendige gener til at producere neurotransmittere (såsom GABA), essentielle vitaminer eller beskyttende metabolitter. Det er i bund og grund forskellen mellem at vide, at der er mennesker på et kontor (16S) og at vide præcis, hvilket arbejde hver medarbejder udfører (Shotgun).