Ero on valtava resoluution ja tiedon syvyyden suhteen.
- 16S-menetelmä (Perinteinen): Voi havaita vain bakteereja ja arkeoneja sekvensoimalla pienen alueen tietystä geenistä. Se antaa yleisen käsityksen (suvun), mutta ei kerro tarkalleen, mitä kukin työkalu tekee.
- Shotgun-metagenomiikka (Vivabioma): Sekvensoi satunnaisesti kaikki läsnä olevien organismien geenit. Tämä antaa meille mahdollisuuden havaita bakteerien lisäksi myös sieniä, viruksia, arkeoneja ja loisia.
Lisäksi Shotgun antaa meille mahdollisuuden tehdä toiminnallisia tutkimuksia: voimme nähdä, onko ekosysteemissäsi tarvittavat geenit välittäjäaineiden (kuten GABA), välttämättömien vitamiinien tai suojaavien metaboliittien tuottamiseen. Pohjimmiltaan se on ero sen välillä, tietääkö toimistossa olevan ihmisiä (16S) ja tietää tarkalleen, mitä työtä kukin työntekijä tekee (Shotgun).