Se on sekvensointilukemien vakiotallennusmuoto: lyhyitä A-, C-, G- ja T-kirjainten jonoja, joissa jokaisella kirjaimella on laatupiste. Toimitamme näytteesi lukemat FASTQ-muodossa ihmisen lukemien suodatuksen jälkeen. Tiedostossa on siksi kymmeniä miljoonia lukemia, pääosin mikrobien DNA:sta. Se ei sisällä tulkintaa.
Se on kattavin muoto. Sinä tai bioinformatiikan asiantuntija voitte analysoida tiedot uudelleen muilla työkaluilla tai viitetietokannoilla nyt tai tulevaisuudessa. Tiedosto on useiden gigatavujen kokoinen, joten käsittely vaatii bioinformatiikkaohjelmistoa ja riittävän tehokkaan tietokoneen. Jos toinen yritys tai alusta analysoi tiedot, tulokset voivat erota omistamme ja niiden käsittelyyn sovelletaan kyseisen tahon tietosuojaehtoja.