La differenza è abissale in termini di risoluzione e profondità dei dati.
- Il metodo 16S (Tradizionale): Può rilevare solo batteri e archei sequenziando una piccola regione di un gene specifico. Ti dà un'idea generale (il genere), ma non ti dice esattamente cosa fa ogni strumento.
- La Metagenomica Shotgun (Vivabioma): Sequenzia in modo casuale tutti i geni di tutti gli organismi presenti. Questo ci permette di rilevare non solo batteri, ma anche funghi, virus, archei e parassiti.
Inoltre, Shotgun ci permette di realizzare studi funzionali: possiamo vedere se il tuo ecosistema ha i geni necessari per produrre neurotrasmettitori (come il GABA), vitamine essenziali o metaboliti protettivi. È, in sostanza, la differenza tra sapere che ci sono persone in un ufficio (16S) e sapere esattamente quale lavoro sta svolgendo ogni dipendente (Shotgun).