Różnica jest ogromna pod względem rozdzielczości i głębokości danych.
- Metoda 16S (Tradycyjna): Może wykrywać tylko bakterie i archeony poprzez sekwencjonowanie małego regionu konkretnego genu. Daje to ogólne wyobrażenie (rodzaj), ale nie mówi dokładnie, co robi każde narzędzie.
- Metagenomika Shotgun (Vivabioma): Losowo sekwencjonuje wszystkie geny wszystkich obecnych organizmów. Pozwala nam to wykrywać nie tylko bakterie, ale także grzyby, wirusy, archeony i pasożyty.
Ponadto Shotgun pozwala nam na wykonywanie badań funkcjonalnych: możemy sprawdzić, czy Twój ekosystem posiada geny niezbędne do produkcji neuroprzekaźników (takich jak GABA), niezbędnych witamin lub metabolitów ochronnych. Zasadniczo jest to różnica między wiedzą, że w biurze są ludzie (16S), a wiedzą dokładnie, jaką pracę wykonuje każdy pracownik (Shotgun).