Różnorodność określa liczbę różnych gatunków (bogactwo gatunkowe) i równomierność ich występowania. Ogólnie większa różnorodność mikrobiomu wiąże się z bardziej stabilnym i odpornym ekosystemem, który lepiej regeneruje się po zaburzeniach, takich jak antybiotykoterapia. Niską różnorodność częściej obserwuje się po antybiotykach, przy diecie ubogiej w błonnik i w niektórych chorobach.
Jest to związek, a nie diagnoza: także osoby zdrowe mogą mieć umiarkowaną różnorodność. Najbardziej przydatne jest sprawdzenie swojego wyniku na tle populacji referencyjnej oraz obserwowanie, jak zmienia się on po zmianie nawyków.