A diferença é abismal em termos de resolução e profundidade de dados.
- O método 16S (Tradicional): Só pode detetar bactérias e arqueas sequenciando uma pequena região de um gene específico. Dá-lhe uma ideia geral (o género), mas não lhe diz exatamente o que cada ferramenta faz.
- A Metagenómica Shotgun (Vivabioma): Sequencia aleatoriamente todos os genes de todos os organismos presentes. Isto permite-nos detetar não apenas bactérias, mas também fungos, vírus, arqueas e parasitas.
Além disso, o Shotgun permite-nos realizar estudos funcionais: podemos ver se o seu ecossistema tem os genes necessários para produzir neurotransmissores (como o GABA), vitaminas essenciais ou metabolitos protetores. É, na sua essência, a diferença entre saber que há pessoas num escritório (16S) e saber exatamente que trabalho cada funcionário está a fazer (Shotgun).